לאחר כיבוש ליטא על ידי הגרמנים, החל האב פאוקסטיס להציל יהודים. הוא סירב ללכת בדרכם של הארכיבישוף וינסנטאס בריזגיז (Vincentas Brizgyz), ראש הכנסיה הקתולית בליטא, אשר התעלם מקריאתם של יהודי ליטא לעזרה בטענה שהדבר עלול לסכן את מעמדה של הכנסיה, או בדרכו של האב איגנטביסיוס (Ignatavicius) אשר ערך מיסה עבור אחת מיחידות המשטרה הליטאיות שהיתה מעורבת ישירות ברצח יהודים.פאוקסטיס עשה כל אשר ביכולתו לסייע ליהודים: הוא השיג מסמכים מזויפים עבור המחתרת היהודית בגטו קובנה, סייע ליהודים לברוח מן הגטו, הסתיר אותם במשרדיו ומצא מקומות מסתור נוספים בעבורם.
רחל לוין היתה אשת קשר לכומר הזה.. היא היתה יוצאת בסיכון רב מחוץ לגטו ומביאה לו תעודות לידה של תינוקות, והכומר היה מזייף אותן לתעודות של ילדים נוצרים. אחר כך היו מוברחים התינוקות האלה דרך גדר הגטו ומובאים, בגלוי, לבתיהן של משפחות נוצריות . ככה הציל הכומר עשרות ילדים, בנוסף לבוגרים הרבים שהציל למידע נוסף
